Japonię tworzą tysiące wysp i wysepek rozrzuconych wzdłuż wybrzeży wschodniej Azji. Powierzchnia całkowita to 377 835 km2 (w tym 3091 km2 wód terytorialnych), linia brzegowa liczy 29 751 km. Hokkaido, Honshu, Kyushu oraz Shikoku to największe wyspy. Najwyższy punkt Japonii znajduje się na górze Fuji (3776 m n.p.m.), najniższy zaś w depresji o nazwie Hachiro-gata (4 m p.p.m.). Przeważa teren górzysty (73% powierzchni).

Japonia leży na jednym z odcinków tzw. Pacyficznego Kręgu Ognia, obszaru dużej aktywności sejsmicznej - wybuchy wulkanów, trzęsienia ziemi i fale tsunami stanowią nieodłączny element życia na wszystkich japońskich wyspach.
Ze względu na południkową rozciągłość Japonii klimat jest bardzo zróżnicowany, ponadto okresowe wiatry od kontynentu (zima) i od oceanu (latem) stanowią ważny czynnik modyfikujący. Większa część kraju charakteryzuje się klimatem podzielonym na cztery pory roku, ale cała Japonia ma aż sześć stref klimatycznych - od mroźnych zim i ciepłych lat (Hokkaido), poprzez strefę intensywnych opadów (Morze Japońskie), aż po klimat subtropikalny (Wyspy Nansei).